Šifrování dat přenášených mezi klientem a bankou zabraňuje neoprávněnému zjištění důvěrných informací třetí stranou. Použití správného šifrovacího klíče (ten je uložen v mobilním telefonu klienta) je také jedním z prvků autentizace klienta. Pro šifrování je využit nejmodernější algoritmus, nástupce algoritmu 3DES, AES.
Použití MBA je chráněno PINem, který aplikace vyžaduje při svém spuštění.
Volitelně lze bezpečnost MBA dále zvýšit využitím nezávislého autentizačního prvku (autentizačního kalkulátoru, tabulky kódů – TAN, nebo grid karty) pro autentizaci klienta a zadávaných transakcí.