V MetNETu je kladen velký důraz na zabezpečení dat před zneužitím. Veškerá data
mohou být při přenosu on-line šifrována algoritmem DES.
Vybrané tabulky databáze mohou být na disku ukládány v šifrovaném tvaru. V takovém
případě musí uživatel, který chce s databází pracovat, zadat příslušné heslo.
Přenášené zprávy a soubory mohou být doplněny digitálním podpisem na bázi šifry RSA.
Digitální podpis umoňuje prokázat autorství zprávy, obdobně jako podpis skutečný. MetNET současně
obsahuje potřebnou podporu pro generování a správu klíčů.
